A rom rövid története: IV. Béla 1242-ben született lányuk, Margit és 17 társával költözött a szigetre 1252-ben a veszprémi apácakolostorból. IV. Béla 1271-ig, Margit haláláig sokat járt ide, így királyi székhelyként említik. Írásos emlék sajnos kevés maradt meg, így az első 1276-ból maradt ránk, mely Margit szenté (boldoggá) avatásának perét rögzíti. Ez ugyan nem maradt meg számunkra, de ennek alapján készült el a Margit-legenda, így igen sok mindent megtudhatunk belőle.
Boldog Margit itteni sírjához 250 évig zarándokoltak az emberek, míg nem az apácák 1540-ben elhagyták a szigetet, s vitték magukkal a földi maradványokat is. Hosszú zarándoklás után Pozsonyban 1615-ben beleolvadtak a klarissza rendbe. 1782-ben II. József föloszlatta a rendet, s a maradványok ekkor vesztek el. Végül, 1943. július 13-án XII. Pius pápa avatta szentté Margitot.
Véletlen folytán került elő a kolostor templomának harangja teljes épségében, így megkezdték a kutatásokat is. Jelenleg sincs feltárva a teljes kolostor, de látható részei vannak, így a nyugati udvar, a kápolna, a királynői lakóház, a torony, a sekrestye, a templom, az elmaradhatatlan kerengő, a kápolnaterem (a szentélyrészében kis kápolna épült föl), a konyha, a fűtőház, az ebédlő, a kútház (rekonstruált változatban újjáépítették), a laikusok ebédlője és a dolgozószoba.
Hogyan jutunk oda? A Margitszigeten, közel a Víztoronyhoz lelhető föl a nem teljes egészében feltárt romok (feltárása folyamatban).
